Hitman: Codename 47 se divide en varias historias principales, cada una con sus niveles. Antes de cada nivel, la Agencia le da la oportunidad al jugador de seleccionar algunas de las armas y el equipo que va a llevar consigo a la misión, según el dinero que haya obtenido en las anteriores fases. Una vez estudiados los informes de cada objetivo, así como las fotos o los mapas que le puedan ser proporcionados, el jugador inicia la misión.

El jugador maneja al propio 47, asesino a sueldo muy habilidoso y sigiloso. En esta, como en todas las entregas de la saga, se castigan los asesinatos de civiles, ya sean peatones, meseros u otros, y lo hace descontando dinero al final de la misión, pudiendo ser considerada fallida si el balance económico es desfavorable para el protagonista.

Es por esto que no es un juego en el que la táctica principal sea el enfrentamiento directo con el oponente y matar a diestra y siniestra. Es el engaño y el sigilo la principal arma con que el jugador cuenta. Desde no cargar armas a la vista u obtener información de los personajes con que interactúa hasta otras más sofisticadas, como matar silenciosamente (con una cuerda de piano o un cuchillo) esperando el momento de encontrarse a solas con el objetivo o disfrazarse con las ropas de alguna víctima, son ejemplos de las características del juego.